Музей основан, как народный, в 1967 году известным краеведом, писателем, собирателем вепсского фольклора Рюриком Петровичем Лониным (1930-2009). За 13 лет народного музея собраны уникальные коллекции о традиционных занятиях и промыслах, быте и хозяйстве, народных верованиях и праздниках вепсов. Неслучайно, в 1971 году среди народных музеев республики, Шелтозерский краеведческий музей был признан лучшим. В 1980 году музей получает статус государственного и становится сначала отделом, а в 1987 году, филиалом Карельского государственного краеведческого музея.

Радиопроект "Хранители времени"- Филиал БУ НМ РК Шелтозерский вепсский этн.музей
(ГТРК "Карелия", автор Светлана Заалова, июль 2013 год)