Кондопожский городской краеведческий музей был открыт для посетителей 28 июня 1984 года, в день 40-летия освобождения Кондопоги от немецко-фашистских захватчиков. С 1985 по 1991 год музей являлся филиалом Карельского государственного краеведческого музея, в 1991 музей стал муниципальным и находился в ведении отдела культуры администрации Кондопожского района. С 1 января 2008 года музей является самостоятельным юридическим лицом.

Музей Кондопожского края заключил с православным Приходом храма Рождества Богородицы г. Кондопога Петрозаводской и Карельской Епархии Русской православной Церкви (Московский патриархат) договор о совместном использовании Церкви Успения Пресвятой Богородицы (1774 год постройки), которая является памятником федерального значения.