С октября 2012 года по сентябрь 2014 года Дом Мелькиных находился на реставрации. За это время сотрудники музея в соавторстве с учеными, местными жителями и партнерами музея разработали Архитектурно-планировочную концепцию Шелтозерского вепсского этнографического музея им. Р.П.Лонина, концепцию постоянной экспозиции «Вепсский крестьянский двор. Vepsän tannaz» и стратегический план развития учреждения.

Весомый вклад в наполнение экспозиции внесли сотрудники Института языка, литературы и истории КНЦ РАН, специалисты Национального музея РК. Они поделились своими открытиями в области истории, этнографии, лингвистики и топонимии вепсов.

Сегодня в музее восстановлен интерьер крестьянской избы, уук - переход из жилой части в хозяйственную, а также хозяйственный двор. Для посетителей представлен новый зал «Вепсы. История. Язык. Расселение. Миропредставление». Каждый модуль в зале характеризует особенности языка, культуры и истории коренного малочисленного народа Российской Федерации – вепсов. В новом зале представлено около 350 подлинных предметов, которые отреставрировали специалисты Национального музея Республики Карелия. Дизайнерское оформление экспозиции выполнило ООО «АРТНАВОЛОК».

В современном информационном обществе музей развивается путем внедрения современных информационных технологий. Теперь в Вепсском музее можно совершить путешествие по залам с помощью планшета или смартфона, используя систему QR-кодирования, самостоятельно поработать в электронной медиатеке, получить доступ к Интернет-ресурсам. Впервые в музее представлена система «Умный свет».