История Карельского государственного краеведческого музея начинается в 1871 г., когда Олонецкий губернатор Г.Г.Григорьев предложил создать Олонецкий музей "естественных произведений, предметов промышленности, памятников древности и бытовых вещей, употребляемых местным населением" . Замысел Г.Г.Григорьева заключался в создании музея, предназначенного для того, "чтобы доставить возможность публике, хотя бы и наглядно, ознакомится с богатствами губернии, производительностью ее и промышленным развитием; а учащейся молодежи, предающейся вполне науке, - изучить местную географию и этнографию" . В этой, своего рода миссии музея, определен публичный и образовательно-просветительский характер музея и выделена одна из основных "целевых групп" его аудитории - "учащаяся молодежь". Кроме того, Г.Г. Григорьев обозначил и хранительскую функцию музея. По его представлениям музей "сохранит на будущее время, памятники нашей исторической жизни и народного быта и сбережет многие из них, выходящие из употребления и постепенно забываемые, не смотря на их характерность или значительное прежнее распространение" .

Одной из главных причин возникновения музея было стремление отразить эпоху Петра Первого в истории Олонецкой губернии. Музей был открыт одновременно с монументом Петру на Круглой площади. В собрании и экспозиции музея особое значение имели предметы, связанные с петровской темой. Другим, более важным обстоятельством, обусловившим создание музея, была потребность губернских органов управления в месте, где можно было наглядно представить естественные богатства Карелии.

Во время посещения губернии представителями высшего руководства России музей выполнял презентационную роль для губернских властей, наглядно показывая экономическое состояние края, особенности его географии, природных ресурсов, истории и культуры. Эта роль музея во многом была обеспечена тем, что в начале своей истории он располагался в помещениях губернаторского дома. Музей был одним из самых привлекательных объектов для путешественников по Олонецкой губернии, посещавших губернскую столицу. Музей служил для города и края "визитной карточкой": в конце 19 в. путешественник и писатель А. Елисеев отмечал, что в Петрозаводске "кроме музея и Александровского завода смотреть нечего" . Кроме того, музей представлял губернию своими коллекциями на российских и международных выставках.

Залы музея в этот период представляли собой одновременно хранилище и экспозицию. Благодаря путеводителям и заметкам путешественников, описаниям визитов высокопоставленных особ мы можем представить экспозицию музея конца 19 в. с точки зрения посетителя. Приведем здесь выдержку из такого описания, относящуюся к посещению губернаторского дома великим князям Сергеем Александровичем и его братьями в 1879г.

"Первое внимание Великого Князя…было обращено на исторический отдел, в котором, между прочим, заключается собрание орудий каменного века…Особенно заинтересовали любознательных посетителей камень (из породы песчаника), с изображением на нем человеческого лица…, найденный на реке Мегре, и каменное ядро большой величины, найденное на острове одного озера после Ильина дня и приписываемое суевериям поселян громовым перунам пророка Ильи. Была рассмотрена нумизматическая коллекция, в которой находятся монеты из…Лодейнопольского клада. С историческим любопытством Великие Князья осматривали деревянный резной аналой и точеные деревянные же подсвечники собственноручной работы Петра Великого; модели Марциальных вод, которыми он неоднократно лечился; марциальноводской и Вытегорской церквей, сооруженных по чертежам Великого Монарха; рукописные книги Выголексинских раскольниц, старинные лубочные и деревянные венцы, предметы бытовой жизни, из которых Великие Князья особенно заинтересовались русскими головными уборами крестьянок, берестяными изделиями (сапогами, седлом с стременами и уздою, при которой кольца согнуты из березовых вичьев) и собранием вышитых полотенец…Наконец, были показаны…образцы мраморов, изделий из них, несколько кусков Шунгского антрацита из разных слоев месторождения, большое собрание фотографических видов и снимков с разных древностей, и т.д. Осмотр музея занял довольно много времени" .

В период до 1910-х гг. государственное ведомство - губернский статистический комитет основал, курировал и обеспечивал все виды деятельности музея и определял систематическую структуру его собрания и экспозиции; при этом музей был открыт как публичный и работал как для местного сообщества, так и для гостей Петрозаводска и губернии.

В 1913 г по инициативе вице-губернатора Олонецкой губернии А.Ф. Шидловского образована краеведческая организация "Общество изучения Олонецкой губернии". Переход музея в ведение Общества (1914 г.), в состав которого входили губернские чиновники разных рангов, видные ученые и другие влиятельные лица, обеспечил достаточно устойчивое состояние музея и развитие всех видов его деятельности. В период попечения музея со стороны Общества изучения Олонецкой губернии вместе с библиотекой он стал своего рода культурным центром для образованной публики.

В формировании коллекций музея большое значение имели денежные пожертвования и дарения, поступавшие от дарителей из числа местной интеллигенции, чиновничества, других слоев общества; участие в комплектовании собрания широкой общественности активно освещалось и поддерживалось в губернской прессе, деятельность музея сопровождалась широкой общественной поддержкой.

Следует отметить, что при основании губернского музея основные средства на его устройство и содержание выделило губернское земство (300 руб.). Кроме того, на эти цели поступили крупные денежные пожертвования от частных лиц. Ими были почетный член Олонецкого статкомитета С-Петербургской 1-ой гильдии купец Н.Ф.Громов (200 руб.) и пудожский купец А.П.Базегский (100 руб.), которого после этого пожертвования также избрали почетным членом Олонецкого статкомитета. В период 1873-1885 гг. музей финансировался губернским земством ежегодно в размере 300 рублей. Губернские ведомости отмечали в 1885г., что "по ограниченности денежных средств, музей не может быть в скором времени до вполне отвечающей цели его учреждения". Тем не менее, ведомости отмечали в 1889 г., что музей "вполне оправдывает свое высокое научное и практическое значение. Составляя в себе хранилище предметов по разным специальностям, музей доставляет учащимся все удобства, чтобы основательно изучить местную географию, историю и этнографию. Члены ученых обществ и экспедиций здесь могут найти к своим услугам готовые драгоценные данные, избавляющие их от неблагодарного и кропотливого труда добывать сведения из расспросов разных обывателей. Вообще, каждому посетителю музей может служить справочным местом, где наглядным способом даются разнородные сведения о положении Олонецкой губернии и ее истории". Бюджет музея в 1887 г. составлял 317 руб. В 1913-1914 гг. финансирование музея примерно в тех же размерах складывалось из "пособий", выделенных министерством торговли и промышленности, олонецкого губернского земства и петрозаводской городской управы.

Общество изучения Олонецкой губернии прекратило свою работу в 1918 г. Библиотека и музей Общества были переданы Губернскому комиссариату по народному образованию.

В 1920-1930-х гг. структура и деятельность музея в определенной мере продолжала традиции комплексного Олонецкого естественно-промышленного и историко-этнографического музея. Как и в период до 1918г. работа музея была преимущественно ориентирована на содействие решению проблем современности (социально-экономическое развитие края), а не на сохранение, изучение и актуализацию историко-культурного и природного наследия региона.

В 1925г. Общество изучения Карелии и Олонецкая научная экспедиция, в составе которой участвовали сотрудники Государственного Русского музея, сыграли значимую роль в стабилизации музея и реализации плана его перестройки по "краевому принципу".

С 1928 г. музей получает новое название  Карельский государственный музей. С этого времени музей включал три отдела с соответствующими экспозициями: культурно-исторического, социально-экономического, естественно-исторического. Четвертый отдел - художественный (иконы "поморского письма", нумизматика, живопись, скульптура, фарфор и др.) не был представлен экспозицией из-за отсутствия помещения.

При музее было создано Карельское Бюро краеведения, целью которого являлось руководство краеведческими организациями Карелии и планирование их деятельности в соответствии с вопросами социалистического строительства. Особая роль также уделялась вопросам развития школьного краеведения. Музей стал важным звеном в системе работы с историко-культурным наследием, т.к. взаимодействовал с экскурсионным бюро Наркомпроса и комиссией по учету и охране памятников "старины и искусства". Значение музея для науки в Карелии выразилось в его участии в организации Карельского научно-исследовательского института. Подчинение музея Наркомпросу привело к формированию новой функции – идеологической, политической и просветительской.

В конце 1920-х гг. основной проблемой музея становится нехватка помещений. Размеры помещения музея на площади 25 Октября (пл. Ленина) и его плохое состояние привели к тому, что музей был буквально "завален" экспонатами. Вопрос о получении музеем нового здания имел к тому времени свою историю. Еще в 1902 г. Олонецкое губернское собрание постановило устроить музей имени Петра Великого и ассигновало средства (5000 руб.), на которые был разработан архитектурный план нового здания музея в стиле Петровского дворца 18 века. Музей должен был занять в Петрозаводском саду историческое место этого дворца. Однако из-за большой стоимости постройки нового здания проект так и не был реализован. В 1929 г. в соответствии с постановлением СНК АКССР была закрыта и передана под помещение музея заводская церковь Александра Невского.

В 1936 г. в штатной структуре музея образован отдел природы.

В 1940 г. образована Карело-Финская ССР и музей переименовывается в Центральный государственный музей КФССР. В состав музея вошел в качестве филиала архитектурный ансамбль на о. Кижи. Проводились археологические раскопки и собирательская работа на новых территориях, присоединенных в результате советско-финляндской войны 1939-1940 гг. В 1939 г. музею были переданы петроглифы Онежского озера. Однако в связи с началом Великой Отечественной войны музей не смог организовать эффективную работу с онежскими петроглифами, и идея музея-заповедника так и не была реализована .

Период временной оккупации Петрозаводска и эвакуация музея в годы Великой Отечественной войны приостановили работу музея и принесли серьезный ущерб его коллекциям, часть которых была вывезена оккупантами, а часть - утрачена. Музей возобновил работу только осенью 1944 г.
В послевоенный период формируется основная структура отделов краеведческого музея, просуществовавшая вплоть до начала 1990-х гг. Эта структура включала отделы природы, истории дореволюционного прошлого Карелии, истории советской Карелии. Основные разделы созданной в это время постоянной экспозиции соответствовали структуре музея и распределялись в соответствии со значением этих отделов (основным отделом являлся отдел истории Советской Карелии) в помещениях трехэтажного здания бывшего храма.

В 1960-1980-х гг. Карельский государственный музей выполнял функцию регионального музейного методического центра. За этот период на базе и при поддержке КГКМ возникли другие государственные (республиканские) и районные (муниципальные) музеи .

В 1960 г. был образован Карельский музей изобразительных искусств. Основу его музейного собрания составили произведения, переданные Государственным краеведческим музеем. Преимущественно это были работы мастеров русской живописи XVIII-XIX веков, картины карельских художников, русская и карельская резьба по дереву и вышивка, русский и западноевропейский фарфор.

В 1961 г. как отдел Карельского краеведческого музея был образован музей "Кижи". В 1966 г. постановлением Совмина РСФСР был преобразован в самостоятельный музей, получивший в 1969 году свой нынешний статус - "Государственный историко-архитектурный и этнографический музей-заповедник".

В 1960 г. петроглифы Карелии на реке Выг (Беломорский район) и восточном побережье Онежского озера (Пудожский район) получили статус федеральных памятников истории и культуры. В 1966 г. Совет министров КАССР принял специальное постановление "Об охране петроглифов в КАССР". В соответствии с постановлением создан филиал КГКМ "Бесовы следки" (включил районный музей "Беломорские петроглифы" и павильон над петроглифами).

В 1981-1985 гг. была образована централизованная музейная сеть республики, включавшая головной музей (КГКМ) и 8 филиалов (Шелтозеро, Пудож, Медвежьегорск, "Беломорские петроглифы", "Марциальные воды", Костомукша, Сегежа, Кондопога). Для работы с филиалами в КГКМ был образован научно-методический отдел по руководству филиалами и общественными музеями республики. Отдел провел большую работу по организации филиалов и по созданию их экспозиций. В 1988 г. в состав музея был включен «государственный музей-сектор «Мемориальный музей М.Мелентьевой», который появился в связи с реорганизацией народного музея Марии Мелентьевой в п. Пряжа (в дальнейшем – филиал КГКМ, выведен из структуры музея к 1997 г.). В 1991 г. в соответствии с постановлением СМ КАССР, когда Костомукшский, Кондопожский, Беломорский, Медвежьегорский, Пудожский, Сегежский филиалы музея были преобразованы в самостоятельные муниципальные музеи. В настоящий момент КГКМ включает два филиала - Музей "Марциальные воды" и Шелтозерский вепсский этнографический музей.

В 1979 г. из-за аварийного состояния здания музей был закрыт на ремонт и вплоть до переезда на новое место (пл. Ленина) работал на базе больших выставок, полнопрофильной экспозиции, подобной предшествующему периоду деятельности музея, не было. Начиная с 1979 г., экспозиционная работа музея строится на основе масштабных временных выставок, в которых применяется как комплексно-тематический, так и коллекционный методы. В этот период накапливается экспозиционный опыт, впоследствии использованный сотрудниками музея в ходе практики выставок 1990-х гг.

В 1980 г. музей получает дополнительное здание на ул. Энгельса, д.5. Здесь была размещена экспозиция "Народное декоративно-прикладное искусство Карелии" (концепция - Л.И. Капуста, художественное решение - А.А.Акимов). В 1990 г. сюда переместились коллекции отдела природы и было оборудовано открытое фондохранилище чучел высших позвоночных животных. Эта экспозиция работала почти 10 лет.

25 мая 1992 г. Совет Министров Республики Карелия принял Постановление № 207 «О размещении Карельского Государственного краеведческого музея в историко-архитектурном комплексе зданий на пл. Ленина в городе Петрозаводск в связи с передачей храма Александра Невского Петрозаводской епархии Русской православной церкви». Постановлением предполагалось к середине 1993г. полностью освободить здания ансамбля и осуществить их реконструкцию и приспособление под музей. Этот документ впоследствии стал основополагающим для проведения конкурсов по разработке концепций музея на площади и других проектных работ.

C 1993 г. Карельский государственный краеведческий музей располагается в зданиях историко-архитектурного ансамбля 18 в., построенного архитекторами школы В.И. Баженова, который является памятником федерального значения . Кроме того, музей частично использует здание Дома горного начальника (ул.Ф.Энгельса, д.5), имеющего статус исторического памятника.
Вопрос об использовании памятников Круглой площади в музейных целях обсуждался в республике с середины 1950-х годов. В 1950-х гг., благодаря проектной работе группы архитекторов под руководством Б. Гнедовского оформилась идея перепрофилирования ансамбля Круглой площади под музей и обоснованы принципы его музеефикации. В дальнейшем музейное использование этого памятника стало рассматриваться как один из наилучших способ его сохранения и использования. Принципы, сформулированные группой Б. Гнедовского, предполагали не просто использование памятника под экспозиции и музейные службы, но и раскрытие индивидуальных особенностей и историко-культурной ценности памятника, в частности фрагментарную реставрацию интерьеров наиболее ценных в художественном и историческом значениях помещений. Таким образом, была обозначена возможность использования памятника под экспозиции с одновременной демонстрацией его как самостоятельного объекта показа. В то же время уже в 1950-х годах выяснилось, что тотальная реконструкция интерьеров невозможна в связи с многочисленными изменениями внутренней планировки. Принципы проектирования музея с учетом и в контексте историко-культурной ценности ансамбля и прилегающей городской территории, становятся основой для дальнейших разработок.

Музейное значение площади Ленина было подтверждено Постановлением Совета Министров КАССР №446 от 16.11.1960, в котором ансамбль площади был включен в список памятников архитектуры, подлежащих первоочередной подготовке к музейному показу.

В 1984г. Министерство культуры РСФСР поддержало инициативу органов власти КАССР о передаче комплекса исторических зданий на пл. Ленина на баланс МК КАССР для использования их в музейных целях. В 1986г. были заключены договора на разработку проекта реставрации и приспособления зданий под музей с институтом "Спецпроектреставрация" и на художественное проектирование экспозиций с комбинатом декоративно-оформительского искусства (КДОИ, Москва) МК РСФСР. Группа художников КДОИ под руководством Г.Г. Курочкина совместно с научным коллективом музея подготовила проект генерального решения экспозиций. Однако в связи с тем, что в этот период республика не смогла решить вопрос с передачей этих зданий музею, дальнейшая работа по проектированию была прекращена.

В 1985-1992 гг. разработки по размещению музея на площади были в основном ориентированы на приспособление сложившейся структуры отделов и экспозиций музея к помещениям зданий ансамбля.

В дальнейшем, в связи с переездом музея в здания ансамбля в 1993-1994 гг. было проведено несколько конкурсов, направленных на разработку новой модели деятельности музея в чрезвычайно значимом для формирования городской среды историко-архитектурном ансамбле площади. Однако уровень полученных проектных материалов, по мнению организаторов конкурсов, не соответствовал поставленной цели.

В тоже время был сформулирован ряд подходов имеющих принципиальное значение в дальнейшем проектировании музея на площади. В частности, особо ценными представляются следующие положения концепции реконструкции исторической застройки в районе пл. Ленина, разработанные "Архпроектом" в 1993 г.:
- невозможно и нельзя создавать и создать полноценный архитектурный проект без увязки его с "начинкой" экспозиционных площадей музея;
- необходимо создать единый архитектурно-экспозиционный замысел внешнего и внутреннего содержания музейного комплекса;
- главный экспонат будущего музея - исторический комплекс и его средовое окружение.

Эти положения ставят проблемы, зависящие от решения вопроса о статусе, профиле, принципах деятельности музея. Перед музеем стоит задача свести к минимуму диссонанс между архитектурно-пространственной средой, историческим характером использования ценных в историко-архитектурном отношении залов и помещений и новыми формами современной музейной деятельности. Очевидно, что музей на Круглой площади должен сочетать в себе преимущества не только классического музея, экспонирующего свои фонды, но и средового музея, например, музея-заповедника в исторической городской среде. Деятельность такого музея должна быть ориентирована на сохранение, изучение, восстановление и комплексную интерпретацию музейных предметов фондовых коллекций и исторических объектов - памятников истории и архитектуры, зданий, прилегающих парковых территорий.