2000 год

В ходе разведки в Калевальском и Лоухском р-нах РК были найдены 14 новых стоянок каменного века на озерах около п. Лоухи и Кепа. На р. Кузема были обнаружены остатки системы ям-ловушек на северного оленя. В Заонежье (Медвежьегорский р-н РК) было произведён осмотр остатков крестьянского укрепления периода Смутного времени (начало XVII в.) в д. Вегарукса и произведены раскопки каменной кучи около п. Толвуя.

2001 год

Совместно с ПетрГУ был раскопан памятник эпохи энеолита Суна ХХ (Кондопожский р-н РК). Был получен интересный набор орудий характеризующих этот комплекс как летнюю стоянку-мастерскую, существовавшую на речном острове в III тыс. до н.э.

2002 год

Объектом исследования стали озёра Кенто-Костомукшской и Кепской гидросистем в Западной Карелии. Были обнаружены стоянки каменного века Кенто XV–XX, Лимсамо XIX–XXI. Раскопки на стоянке эпохи мезолита Кенто XII позволили получить «чистый» комплекс орудий и отходов производства из кварца.
Около здания краеведческого музея на пл. Ленина в г. Петрозаводске с целью выявления культурных напластований были проведены раскопки. Кроме интересных находок бытовых вещей, соотносимых с жизнедеятельностью губернаторского дворца, были выявлены остатки булыжной мостовой и каменной вымостки XIX в.

2003 год

На юго-западном берегу Онежского озера, недалеко от п. Шокша (Прионежский р-н РК) были зафиксированы остатки системы угольных куч, относящиеся к XVIII–XIX вв. Около старинной карельской деревни Панозеро (Кемский р-н РК) были открыты три стоянки неолита – раннежелезного века (Хизи I–III). Недалеко от п. Курккиёки обследовались валунные сложения на островах Ладожского озера. На о. Чазмолахти озера Суккозеро (Муезерский р-н РК) раскапывались остатки промысловой избушки Нового времени.
На озере Контокки (г. Костомукша) были произведены раскопки стоянок периода мезолита – неолита Контокки V–VIII и позднесредневекового жилища. Последнее реконструируется как небольшая полуземлянка с наклонной, лёгкой деревянной конструкцией вверху, опирающейся на невысокий бревенчатый сруб. Подобный тип жилища (вежа) близок постройкам саамских зимних поселений в Лапландии.
В урочище Чёртов Стул около г. Петрозаводска в начале 30-х гг. ХХ в. московский археолог А.Я. Брюсов обследовал скопление валунных сложений, датировав их эпохой бронзы. Экспедиция КГКМ в 2003 г. раскопала одну из каменных куч. Среди камней была найдена кость северного оленя. Предположения о назначении подобных валунных сооружений самые разнообразные: от остатков культовых святилищ раннесредневековой корелы до следов сельскохозяйственных работ.

2004 год

В Белом море на острове Немецкий Кузов вместе с археологами Соловецкого музея-заповедника и при участии студентов МурГУ были проведены раскопки стоянки-мастерской эпохи неолита Немецкий Кузов III.

2005 год

В рамках международного проекта «Древними тропами» совместной археологической экспедицией КГКМ, ИИМК РАН, МАЭ РАН, Музея Северной Карелии г. Йоэнсуу (Финляндия) был проведен поиск памятников археологии в Западном и Северном Приладожье. Результатом, объединённого опыта археологов, стало выявление около 30 новых объектов, относящихся к периоду от каменного века до позднего Средневековья. Основным районом изучения стало крупнейшее озеро в Северном Приладожье – Янисъярви, где был найден 21 памятник археологии. Важнейшей находкой стало открытие древнейшего памятника в Карелии – мезолитического поселения Киркколахти I (9300 л. н).
В п. Видлица (Олонецкий р-на РК) было раскопано мужское погребение периода раннего Средневековья. Плохо сохранившийся остяк располагался в вытянутом положении, на спине, головой на юг. Были найдены остатки двух гончарных керамических сосудов древнерусского облика, целая небольшая железная мотыга, поясная пряжка из медного сплава. Данный комплекс можно датировать X–XII вв. Были продолжены работы около д. Панозеро в Кемском р-не РК. В районе порогов были обнаружены семь стоянок каменного века – Хизи VIII–X, Панозеро III–VI. В районе г. Костомукша найдены две стоянки каменного века (Корпанга V–VI), на реке Суне в Кондопожском р-не РК – стоянки эпохи неолита Вороново I и II.

2006 год

Совместно с отделом антропологии МАЭ РАН (Кунсткамера) и Московским институтом антропологии и этнологии были продолжены спасательные раскопки на могильнике XVII–XIX вв. около д. Алозеро (Калевальский р-н РК). Всего было исследовано 39 неразрушенных погребений. Работы позволили получить ранее неизвестный материал по краниологии и погребальной обрядности северных карел. На озере Янисъярви были осуществлены раскопки самого древнего поселения в Карелии – Киркколахти I. Был вскрыт очень интересный бытовой комплекс. Полученный многочисленный вещевой материал позволил прояснить процессы проникновения первых человеческих коллективов на территорию Южной Карелии. В работе принимали участие студенты МурГУ.