С 1985 по 2005 гг. на базе Учебного центра при МВД Карелии действовал «Музей карельской милиции», экспозиция которого идеологически выдержанно охватывала ее историю от создания в 1917 году до начала 1990-х годов.
В 1999 г. началась подготовительная работа по созданию нового музея, где первыми шагами стало формирование музейного Совета , выполнение сметно-проектировочных работ, а также организация взаимодействия с государственными органами, музейными структурами и общественными организациями.
В 2001 году решением Коллегии МВД Карелии определена реорганизация «Музея карельской милиции» и создание Музея истории МВД Карелии на территории министерства с размещением на его базе экспозиции выставки «История охраны правопорядка в Карелии» .
Дальнейшему развитию музея способствовал выход первой государственной программы «Патриотическое воспитание граждан РФ на 2001-2005 годы». На основании ее в системе МВД России было предусмотрено оформление в каждом органе (подразделении) внутренних дел музея истории, кабинета (уголка) истории, комнаты Славы .
Для развития музейной деятельности в рамках празднования 200-летия МВД России в сентябре 2002 г. была проведена первая научно-практическая конференция «История охраны правопорядка в Карелии. 1600-2000-е голы», ставшая теоретической основой для развития будущей экспозиции. Материалы этой конференции публиковались в специальном выпуске музейного исторического Бюллетеня .
Дополнительно в фойе министерства была открыта ныне действующая первая выставка из музейных собраний, освещающая советский период истории карельских ОВД. В 2003 году в состав выставки включен тематический стенд к 60-летию освобождения Карелии от немецко-финских захватчиков в 1944 г., а в 2004 году – стенд к 10-летию начала контртеррористической операции в Чеченской Республике (1994 г.) и к 5-летию начала ее нынешнего этапа (1999 г.). В 2005 г. в ее состав включена фотовыставка о выполнении сотрудниками служебного долга на территории Северного Кавказа.
В 2003 году в рамках выполнения государственной программы «Патриотическое воспитание граждан РФ на 2001-2005 годы» соответствующим приказом было положено начало созданию Музейной сети МВД Карелии и окончательному завершению реорганизации Музея карельской милиции .
Следующим приказом в том же 2003 г. было учреждено положение о Музейной сети МВД Карелии в составе Музея истории министерства, комнат истории и уголков истории подразделений и ГО-РОВД . На его основании началась работа по ремонту здания головного Музея и закупка для него стендового оборудования. Открытие здания состоялось 6 мая 2005 г. в рамках празднования 60-летия Победы в Великой Отечественной войне.
В том же 2005 году приказом МВД Карелии был учрежден головной Музей истории . Торжественное открытие выставки под наименованием «История охраны правопорядка в Карелии. 1600-2000-е годы» состоялось ко Дню российской милиции 2 ноября 2005 года при участии Главы Республики Карелия С.Л. Катанандова. В ее создании приняли активное участие Карельский государственный краеведческий музей и Национальный архив Республики Карелия.
Выставка отражает 400-летний исторический период охраны правопорядка от «Литовского разорения» (1614 г.) до наших дней на территории Обонежской пятины, Олонецкой губернии (с 1708 г.), Карельской Трудовой Коммуны (с 1920 г.), АКССР (с 1923 г.), КФССР (с 1940 г.), КАССР (с 1956 г.) и нынешней Республики Карелия (с 1991 г.). Выставка пользуется особой популярностью у ветеранов и сотрудников, студентов и школьников, у представителей различных делегаций.
В процессе организации музейной работы в системе МВД Карелии с 2000 г. развернута научно-исследовательская работа с подготовкой исторических Бюллетеней, освещающих историю российских и карельских правоохранительных органов. Всего включительно до 2006 года было выпущено 20 таких Бюллетеней, ставших необходимым методическим материалом для организации музейной работы, проведения занятий по общественно-государственной подготовке с сотрудниками, а также для популяризации истории карельских ОВД при организации патриотической работы в учебных заведениях республики.
С выходом Бюллетеней студенты, аспиранты и соискатели исторического факультета Петр. ГУ получили возможность публиковать свои рефераты, дипломные и соискательские работ по истории карельских ОВД. Для развития этого по приказу министра ежегодно, начиная с 2004 года, проводится конкурс в области научно-исследовательской деятельности по истории карельских ОВД с поощрением всех его участников.
Для совместного развития ведомственных музеев и изучения общей истории 30 сентября 2003 года по инициативе МВД Карелии был учрежден Межведомственный музейный совет силовых органов Карелии. Совет объединил сотрудников из структур МВД, УФСБ, ПУ ФСБ, УИН, ГУ МЧС, УГПС, ЛОВДТ и в/ч 5600 для совместного изучения общей истории в период вхождения этих ведомств в состав НКВД – МГБ – МВД республики. Данный Совет действует при историческом факультете Петр. ГУ и в конце 2006 г. в него вошли представители от КГКМ, Национального архива РК, Архива новейшей истории РК, Национальной библиотеки РК и Петрозаводского филиала Санкт-Петербургского университета МВД России.
Следующим этапом развития музейной деятельности в системе МВД Карелии является реализация государственной программы «Патриотическое воспитание граждан РФ на 2006-2010 годы» .
В рамках подготовки к 85-летию образования МВД Карелии (5 сентября 2008 г.) при участии Музея истории начат проект по подготовке материалов для создания юбилейного альбома, отражающего всю историю и повседневную деятельность министерства, его подразделений и ГО-РОВД, а также входивших в него силовых органов, созданных и взаимодействующих общественных организаций .
Еще одной стороной в области развития музейной деятельности МВД Карелии стало активное участие по созданию в республике музея военной истории и техники в соответствии с Постановлением Правительства Республики Карелия от 1999 года .
Для создания такого музея МВД Карелии совместно с Республиканским военкоматом и Петрозаводским клубом любителей военной истории «Стягъ» в 2000г. начало поиск и подготовку бронетехники. В 2003 г. к 300-летию Петрозаводска около ГДО открыта первая часть такой экспозиции в составе 2-х единиц послевоенной бронетехники – ГТ-МУ и БТР-152. Позже военкомат включил в состав этой выставки образцы 2-х противотанковых пушек времен Великой Отечественной войны – ЗИС-2 и ЗИС-3. Сегодня это самая посещаемая детьми выставка военной техники, ставшая городской достопримечательностью.
В 2005 г. поисковый отряд Клуба «Стягъ» совместно с МВД Карелии передали в музей ГДО найденную на полях сражений искореженную пушку от танка Т-34-75.