Музей гелогии (впоследствии преобразованный в музей геологии докембрия) основан 18 мая 1961 года как самостоятельное подразделение в структуре Института геологии. Первым заведующим был Виктор Николаевич Юдин.

Музейная экспозиция развернута в двеух залах. В верхнем зале экспозиции посвящены основным вопросам истории горной добычи и геологических исследований в Карелии (Олонецкая губерния), геологии, металлогении и полезным ископаемым докембрия Восточной Фенноскандии. В нижнем зале представлены экспозиции по разделам, посвященным рельефу и четвертичным отложениям Карелии, эволюции жизни на Земле, минералогии и строматолитам Карелии и мира (в данном разделе ессть уникальная коллекция, не имеющая аналогов в других музеях), а также природному камню архитектурного назначения, включая мозаичный пол и лестницы, сложенные плитами из блоков природного камня, добытых в карельских карьерах и обработанных на Кондопожском камнеобрабатывающем комбинате.